יונתן נולד ב- 1922 למשפחה יהודית מתבוללת שגרה דורי דורות בגרמניה וראתה עצמה כגרמנים בני דת משה. אביו נפטר שהיה בן 5 ואימו גידלה אותו כבן יחיד. עם עליית הנאצים ו'ליל הבדולח' חשה אימו באימה המתקרבת ומיהרה לשלוח אותו לארץ ישראל במסגרת עלית הנוער. יונתן שנפרד מאימו בתחנת הרכבת לא תיאר לעצמו שזו הפעם האחרונה שראה אותה. אל הארץ הגיע שהוא בן 16 ואת השנתים הראשונות בילה עם חבריו מעלית הנוער בקיבוץ איילת השחר. הקושי לנער הצעיר-העירוני היה רב, יונתן זכר רעב, קשיי שפה ועבודת סיקול אבנים מייגעת בשדות הגליל. יחד עם חבריו נשלח לגבעת ברנר להכשרה, בטרם עלו להקים קיבוץ צעיר בנגב על אדמות סומסום, היום גברעם. בג"ב התאקלם במהירות וחש מצוין אך לא מצא מרגוע לנפשו הסוערת. הוא ביקש להתנדב לצבא הבריטי להלחם בנאצים. יונתן התגייס ונשלח במסגרת חיל ההנדסה למצרים שם שירת כל המלחמה אותה סיים כמפקד מחלקה בדרגת סגן. עם סיום המלחמה חזר לגבעה לזמן קצר, ומיד גוייס ל'הגנה' והשתתף במלחמת העצמאות, בקרבות הקשים לשחרור ירושלים ויצא בנס משיירת נבי דניאל המפורסמת. בגבעת ברנר פגש את הגננת חנה יפה שהגיעה מרביבים, ולדבריו: זה היה הדבר הטוב ביותר שקרה לו.." השניים נישאו והולידו ארבעה ילדים: ניצן, אורנה, עמית ועידן. יונתן, הייקה שמקפיד על כל דבר שישאר נקי ומסודר, השתלב היטב בחבורה העליזה של מסגריית רימון והיה שותף לעבודה הרבה והמבורכת וגם ל'קונצים' הנודעים שחלקם עדיין אסור לפרסום... יכולותיו הטכניות, קריאת הטקסטים הלועזיים והמסירות היתה לשם דבר. לאורך כל השנים והמלחמות שירת יונתן כחבלן ומפרק פצצות בסדיר ומילואים וטען: שהוא בחר להיות חייל שמציל חיים ולא הורג.." יונתן היה מחברי הקיבוץ האידיאליסטים שהאמינו ברעיון למרות התחלואים הרבים שעברו הקיבוץ וחבריו. יונתן בילה שעות רבות בעבודה והתקשה לקבל את השינוי שחל בחברה. סגירת 'רימון' ואחריה 'מטר' אליה עבר היו בשבילו קשים מנשוא, אך את החיוך הנצחי והאמונה באדם שאב ממשפחתו האוהבת ומחבריו לעבודה שהקיפו אותו עד יומו האחרון.