יונתן הוא בנה של טובה גבריאלי (ידידיה) מנישואיה הראשונים, אח ליוכבד מעיין (ידידיה). אביו שנישא לאימו בנישואים פיקטיביים (כדי להשיג סרטיפיקט - אישור עליה לא"י) סירב לתת גט לטובה, ובשל סכסוכים משפטיים יונתן גדל במוסדות עד גיל 13 (אחותו הבכורה יוכבד עד גיל 5), ורק מאוחר יותר הצטרף לבני גילו בגבעת ברנר. יונתן היה מורה נהיגה "מיתולוגי" ברחובות ובה חי עד סוף ימיו..