נולד בשם ארנסט מגנוס בהמבורג, גרמניה, לרודולף ולילי מגנוס. ב-1935, בגיל 11, עלה לארץ ישראל עם הוריו ואחותו חוה, ושנה לאחר מכן עברת את שמו לארנון מגן. גדל בקיבוץ גן שמואל ועבר לקיבוץ גבעת ברנר. בשנת 1953 כתב את המנון הקיבוץ, לרגל 25 שנים להקמתו. ב-1954 נישא לבת קיבוץ, לילית לבית לוינסון, אחות במקצועה. באותה שנה נולד בנם הבכור הלל. בני הזוג נפרדו ב-1957, והוא נישא ב-1964 לאילנה לב. נולדו להם שלושה ילדים: הדס (1965, עיתונאית), אבנר (1968, פרופסור למדעי המחשב באוניברסיטת טורונטו, נהרג בתאונת טיפוס הרים באלסקה ב-2010 ועידו (1974). ארנון המשיך להתגורר בגבעת ברנר, היה מרכז ועדת תרבות וחיבר מספר שירים (רבינא ועוד) עבור "רביעיית גבעת ברנר" ואחרים במהלך שנות ה-60. עבד כעיתונאי בעיתון "למרחב". לאחר סגירת העיתון, בשנת 1971, עבר לעיתון "דבר", וכיהן כסגן עורך ב"דבר לילדים" בשנות ה-70. בנוסף עבד כמתרגם מאנגלית לעברית; תרגם בין השאר את ספרו של מרטין גילברט "אושוויץ ובעלות הברית" (1988), ואת ספרו של בני מוריס "לידתה של בעיית הפליטים הפלסטינים 1949-1947" (1991). ב-1976 כתב לצד יצחק גילון ז'לינסקי וארנסט מרקוביץ את הספר "תולדות התעשייה הכימית בארץ". ב-1977 פרסם ספר עיון היסטורי, "זה קרה ביום... 32 מאורעות בתולדות העמים" (הוצאת הקיבוץ המאוחד); בספרו הוא מתאר 32 אירועי שיא לאורך ההיסטוריה. ב-1992 השתתף בכתיבת ספרו של גד ברזילי, "דמוקרטיה במלחמות: מחלוקת וקונסנזוס בישראל". ב-2008 פרסם אוטוביוגרפיה, "יומנו של אופטימיסט". נפטר ב-2012 ונקבר בבית העלמין בגבעת השלושה.